Грузовые авиакомпании, работающие в одних и тех же аэропортах, что и пассажирские, платят различные аэропортовые сборы. Среди прочих видов, существует понятие сборов за авиационную безопасность. Размер данных сборов определяется исходя из максимальной взлетной массы того или иного судна, хотя практически во всем мире, данные услуги тарифицируются исходя из веса полезного груза, перевозимого каждым конкретным рейсом. Сам метод расчета ставит грузовые авиакомпании в невыгодное положение при обслуживании в аэропортах России, по сравнению с обслуживанием в других аэропортах мира. Ведь даже если самолет загружен полностью, соотношение его полезной нагрузки к максимальному взлетному весу составляет примерно 1 к 4. Таким образом, российские тарифы выше мировых почти в 4 раза.

Второй проблемой оплаты сборов за авиационную безопасность является то, что грузовые компании по роду своей деятельности практически не получают данную услугу от аэропорта, хотя оплачивать обязаны. Основной объем работ, выполняемых аэропортом по обеспечению авиационной безопасности, касается пассажирских перевозок. Это выполнение различных видов досмотров на всех этапах: при регистрации пассажиров, при получении и выдачи багажа и ручной клади. А вот услуги, которые имеют непосредственное отношение к авиационной безопасности и необходимы грузовым компаниям, тарифицируются и оплачиваются отдельно. Основными из них являются работы по обеспечению сохранности транзитного груза и по соблюдению различных уровней доступа к обслуживаемым самолетам.

Представители грузовых авиаперевозчиков неоднократно высказывали пожелание пересмотреть для них условия оплаты, изменив либо метод расчетов, либо объем оказываемых услуг. Но ситуация оставалась без изменений. Возможно, и в дальнейшем все так бы и продолжалось, если бы недавно не был введен в действие новый Закон «О транспортной безопасности». Закон обязывает всех владельцев и операторов, работающих в транспортной системе Российской Федерации (а грузовые авиакомпании именно таковыми и являются) самостоятельно сформировать и регулярно осуществлять весь комплекс мер, направленных на поддержание безопасности на транспорте.

Таким образом, грузовые авиакомпании снова заострили внимание на вопросе обязательных аэропортовых сборов за безопасность. Компании хотели бы, как минимум, пересмотреть тарифы в сторону уменьшения. С подобным предложением к Министерству транспорта уже обратился один из самых крупных российских грузоперевозчиков авиакомпания «Волга-Днепр».