Этот штурмовик был создан на базе самолета СУ-25Т и является его модернизированной версией. Вплоть до 1996 года этот самолет назывался СУ-25ТМ. В отличие от его предшественника, штурмовик оборудован современным навигационным комплексом и системой управления вооружением, под названием «Шквал». Это оптико-электронная прицельная система, изображение с которой поступает на специальный телевизионный индикатор. Во время полета осуществляется обзор пространства в режиме сканирования, но, как только летчик заметит цель, он может остановить процесс сканирования и осуществить привязку к цели. СУ-39 способен одинаково эффективно атаковать цели в любое время суток, благодаря использованию низкоуровневой телевизионной прицельной системы, которая обеспечивает высокую эффективность в условиях слабой освещенности.

Штурмовик СУ-39 сохранил прекрасные летные качества своего предшественника. При этом, использование системы автоматического управления, помогает значительно снизить нагрузку на летчика. Она позволяет обеспечить автоматическую стабилизацию высоты, полет по заданному маршруту, повторный заход на цель и заход на посадку. Использование комплекса РЭБ дает высокую вероятность преодоления средств ПВО противника. Основным вооружением штурмовика являются противотанковые ракеты «Вихрь». Самолет способен нести до 16 ракет. По своим возможностям, этот штурмовик значительно опережает своего предшественника. А группа самолетов СУ-39 может на равных противостоять даже самым современным истребителям. Такой самолет способен развивать скорость до 2 550 км/ч и подниматься на придельную высоту 18 000 м.